仰っている意味がよく分かりません。本当に設定に矛盾があるのなら、ダメに決まっている気がしますが。

＞例えば主人公の住む場所が起伏が多い土地だと事前に説明されていたとしても、次の瞬間には一面に平野が広がっていてもいいと思うのです。

北側は起伏が多いけれど南側には平野が広がっているというような地形なら問題ないと思います。でも、それは別に矛盾ではないですよね？
そうではなくて、作者がその時々のイメージで起伏が多いとか平野が広がっているとか書いてしまい、よく考えたら矛盾しているけど別にいいよね？　という意味で仰っているのだとしたら、それはアウトでしょと私的には思います。

そこらへん、どうも質問の真意が把握できないので、差し支えなければもう少し詳しく説明していただけないでしょうか？