うーん。
例えば推理モノで「じっちゃんの名にかけて！」とか決め台詞を用意したほうが良いか？　という話と似てると思うんですが、決め台詞がなくても面白い作品はそれなりにあるんだよね。
でも、決め台詞もだけど、特殊能力は、その作品の顔だと思う。
ジョジョの奇妙な冒険は「スタンド」が代名詞でしょ。石仮面や呼吸法なんてのもあるけど。
何にしろその作品を代表する「何か」があるんだよね。
それがつまりは「オリジナリティ」なので、必要か？　と問われれば必要だ、と答えるでしょう。

ただ、このオリジナリティって自分じゃ気づきにくいところもあるからね。
既に自作にはオリジナリティがあるけど、目立っておらず、別途必殺技や特殊能力で華を持たせたいと思ってるだけなのかもしれん。
そうなってる場合は、特殊能力なんて付け加えても既にあるオリジナリティがより一層霞むだけなので、不要どころか邪魔でしょう。

要するに、これはオリジナリティを把握し、それを押し出せば良い話で、例に出した「金田一少年の事件簿」では「金田一の孫である」というのがオリジナリティなので決め台詞が「じっちゃんの名にかけて」になってるわけですね。
特殊能力が出てくるようなバトルモノだと特殊能力っていう表面上のインパクトに惑わされ勝ちですが、本質的にはその特殊能力がオリジナリティなので押し出してるだけで、華を持たせたいといった感覚からの設定ではないでしょう。
すなわちこれらは「オリジナリティの強調」という事なので、
＞その場合にこの華の無さが「斬新な設定」と思われるか、「要件未達成」として流されるか、
意図的に「斬新に思われる工夫」をしなければ「斬新だ」とは思われないでしょう。
かといえ、そこに特殊能力や必殺技を付け加えればいいのか、というのも前述した通り違うので、自分の作品のオリジナリティを考えてみる、そしてそれを押し出す展開にする、というのが根本的な解決になるかと思います。