返信ありがとうございます。

質問にお答えします。
>>◎主人公が周囲の人間から無能視されて、バカにされている。しかし、実は優秀な人間であることを読者は知っている。

主人公は本当は強いのだというある種の安心感はありますが、自分が感情移入する主人公がバカにされ続けるのは腹が立ちます。

>>３）バカにされるパートだけが長くは続かず、要所要所に「ハッとして主人公が只者ではないことを再認識させてくれるエピソード」がある
たしかにこれが理想的ですが、魔法とか戦闘力とかわかりやすい能力が無い学園ものではどう表現するか難しいですね。

主人公はそういった精神的支柱であることが多いですよね。彼の折れない心が周りのみんなを支えるということですね。
しかし、そういう精神的支柱が基本的な役割の主人公はスペック低いことが多いのですよね。

私の理想は、例えば学園もので何かしらの展開で秩序が乱れて力で支配しようとするモブ生徒に主人公が身体能力で圧倒する。
頭を使う謎が発生してら率先して解く。
不安に思ってる生徒たちを鼓舞するなどして、目立たなかったのに認められていく感じですね。