新参者が失礼いたします。質問の内容に興味を引かれて、さっき過去スレや短編に目を通してきました（以前にも読んでいたので流し読みですが）。

①「主人公在籍での三人称多元視点メインの可否について」
無知な初心者で有用なアドバイスなんて無理なので、投稿サイトで連載されている作品を読んでいる読者の立場で考えてみました。
自分なら、「なぜいきなり文体が変わったのか」が物語の中で明かされることを期待して、ミステリーもののような興味でしばらくは読み続けます。でもそれが20万字も続くなら「後半はそういう物語に変わったのか」と勝手に納得して、たとえその時点でのストーリーそのものが面白くても“続き”としては読まなくなると思います。
忘れた頃に謎（視点が変わった理由）が明かされた時にはテンション上がるとは思いますが、そこまでたぶん持たないかな、と。

②「一人称視点で恣意的に五感情報を書かない技法はありか、無しか」
書くのが面白そうだ！と思ってしまいました。
残っている感覚を、それが消えるまでの間ギリギリまでフルに表現することで、「目の見えなくなった人が聴覚が鋭くなる」みたいなことを表現できて、逆に臨場感のある文章になるかも。想像ですが。

私の拙い発想ですが、気持ちよりも行動を描くといいんじゃないかと思います。例えば痴呆の初期段階の人があちこちにメモを貼る（ドラマなどから得た知識の安直な例ですいません）。そんな「その感覚が失われていくことで知らず知らずに身に付いた習慣」を描けばリアリティーを演出できそうだし、気持ちそのものよりも雄弁に主人公の気持ちを表現できそうに思います。

ただ、「五感を失うこと」や「五感を失うことで発生する何か」がメインに描きたいことでないなら、読者の焦点をずれた方向へ導いてしまうとも思います。

hexaさんが「狂気の描写はおすすめできない」と書かれていますが、個人的には重苦しい話なら狂気に走ってもいい気がします。（hexaさん、生意気言ってすみません！）
最初の作品さえまだ途中という人間の素人考えですが、とことん重く苦くしたあとのハッピーエンドは爽快感がありそうだと思いました。（もちろんその終わりに納得できないと駄目だけど）

③「人間はどんな存在に対して絶対的な不快感を抱くか」
想定されている不快感に当たるのか微妙な上に「存在」という質問から少しずれますが、私が思うには「他者の強い自己愛」はほとんどの人間が嫌悪するのではないでしょうか。桐野夏生さんの『グロテスク』のようなのです。自分を可哀想だと思うような。そのくせ非は認めない。
自分の場合だと相手の行動原理に自己愛を感じたとたん、脳が「悪」と下して「この相手は嫌ってもいい」「この相手は仲間にはなれない」と、条件反射で断定してしまうような感覚があります。
（こんなこと言ったらブーメランなんですけど）

（不快感の対象がラスボスだと仮定して）
神様だったら不快感を抱くと思いますが、自己愛の塊で空気の読めないネコ、だと可愛い気もします。集団として暮らす人間限定か、自分以上の相手限定かもしれないです。

重箱のすみをつつくようですが、「IF」だと因縁になってしまいませんか。

オミクロンさんの書かれていた「自分とはほんの少しだけ、だが決定的に違うIFの姿」についてですが。
fateは名前しか知らず、テレビで「（DNAだかなんだかが）いとこくらいの距離感の異性に惹かれる」とか「親子くらい近いと避ける」とか言ってたので（信じられないほど浅い知識ですいません）、勝手に近すぎるってことかなと解釈してしまいました。もちろんこの解釈は間違ってると思います。
でも正しく伝えるために掘り下げるほど、より「因縁」の面が深まってしまわないでしょうか？
fateという作品については調べようとしましたが、ちょっと検索したくらいでは概要すらつかめず、無知から来る勘違いで不快にさせてしまったら本当にごめんなさい。