お話の内容だけでも、いろいろケースが想定されます。特に気になるのが、主人公が誰か、という点です。

A君とBさんは明示してお出でですが、主人公ではないとすると、「主人公がAを幸せにしようとしたが、Aに対する競合キャラBが目立ってきた」という状況でしょうか。

主人公がA君だったが、サブキャラのBさんが目立ってきて、Bメインの話にしたほうがいいかもしれない状況になったということでしょうか。

しかし、どちらもよくあるケースだと思います。両方、考えてみます。

１．主人公がA君を幸せにするプロットでBさんが目立ってきた場合

Bさんルートを意図せずにプロット組んでて、Bさんルートが有力になってきたのなら、話の流れに不自然さが出にくいのは、Bさんルートになることが多いんじゃないかと思います。

ですが、ある種の行き詰まりと考えることもできます。最初の想定ではA君ルートだったわけですから、A君ルートにも合理性はあったはず。お考えの物語と異なると思いますが、幸せにするってことは要は「幸不幸の落差」ですんで、不幸にしてから普通に戻る話作りもあります。いったんA君に試練を与えてみる。ところが、試練からの抜け出し方がうまく工夫できず、巻き沿いになったBさんなら助けられそう、なんてケースですね。

すると、A君は悪役にしとけばいいか、なんてことになったりします。それでもいいんですが、誰の言だったか忘れましたが「行き詰った部分にこそ、宝が埋もれている」のだそうです。考えてみると、そういうこともありそうです。作者自身、「A君を幸せにするにはどうしたらいい？」と分からなくなって悩むほどですから、読者にはなおさら分からないはずです。

もし、A君を不自然さを目立たせずに幸せにする手を思いつければ、いわゆるどんでん返しとなり、読者にとって意外性があるハッピーエンドになります。

そのためには、（話をひっくり返すようですが）自然と思えたBさんルートのプロットをとりあえず作ってしまうのがよいのではないかと思います。そのBさんルートから「もしここでこうなれば」と頭をひねってみるほうが、A君ルートだけで発想するよりもアイデアが出やすいと思います。

もしA君ルートに上手い手立てが見つからないなら、Bさんルートで完成させてしまえばいいでしょう。いずれに転んでも、かけた手間は何も無駄になりません。

２．主人公A君の話のつもりが、サブキャラBさんが目立ってきた場合

これも１同様のケースはあり得るとは思うのですが、かなり低確率だと思います。主人公が入れ替わりそうになるのは、プロットレベルの初期で、既に問題が発生していることが多いでしょう。原則として、主人公をすっぱり入れ替えるのがいいのではないかと思います。

ときたまある別のケースでは、例えば悪役に倒される必然性を与えようと、いかにも悪く描こうとして手をかけすぎ、悪役のキャラが魅力的に立ってしまうことがあります（すごく人間臭くなって、主人公がお人形キャラに見えてしまう等）。そうなりそうになったら、主人公により手間暇かけて描くか、目立ちそうになった別キャラの描写を控えれば大丈夫になることが多いと思います。