コメントありがとうございます！

(　ﾟдﾟ)な、なんと……！
主人公が誰かさえ明言されていないような、こんな言葉足らず過ぎる相談にここまでしっかりお答えいただけるとは、感激です…！

ご提示いただいた内容の、１番目がまさに陥っている状況です。
「主人公がA君を幸せにするプロットでBさんが目立ってきた」というものです。
主人公が、恩人でもあるBさんを大切にし過ぎて、「一貫性をもたせる」にしても、主人公の性格にしても、話の流れにしてもBさんルートの方が自然になってしまって、どうしたものかと思っていました。

ブレイクさんの三幕構成に則っていたので、A君に試練はあったのですが、それを、主人公がA君のことを助けはするけど、結局Bさんの元へ行ってしまう、のような感じになってしまうのです。。

当初のプロットでは、紆余曲折あり、主人公がA君を助け、Bさんと決別してA君と一緒になる。という感じだったのですが。。

まさか「どんでん返し」というものの可能性が自分の作品に眠っているとは思いませんでした。Bさんルートのプロットをしっかり考えてみることにします！
「行き詰った部分にこそ、宝が埋もれている」ってとっても素敵な言葉ですね。

返信もあまり上手にお返しできてない感じですが、
宝を掘り起こせるように頑張ります！！
ありがとうございます！