「物語の作り方」的なことで言えば、コンセプトを変更してでも一貫性をもたせたほうが「物語として」整います。
というか、いまは要するにプロットを作ってるという状況ですよね。
そういう、コンセプトが正しいかどうか、物語と合ってるかどうか、変更すべきかどうか、という設計をする段階がプロット作りなので、むしろ変更するなら今という状況でしょう。

一方で、そういう「作り方」的な話はただの創作論なので、別に従う必要はないし自分が面白いと思うほうを選べば良いわけで、好きにやるのが一番だし自分の感性に従うのが良い。
別に主人公に一貫性がなくても話の流れでそうなるならそうすりゃいいだけ。
コンセプトを変えたら書きたいものを書けないってことだから、やる気も削がれてくし。

結果どっちが面白いかは、結果が出ないことにはわからない。
なので、一番いいのは、「Aルート」と「Bルート」をそれぞれプロットにしてみるって事です。
要するに両方プロットを作ればいい。
プロットを作った時点で物語の大雑把な流れはつかめるし、物語の概要が見えるので、つまりは物語としての面白さという結果が見えるので、それが見えてからどっちにするか判断すれば良い。
プロットは「設計図」とよく言われますが、そんなしっかりしたものじゃなく、イラストで言えば雑な「ラフ」だと思ったほうが良い。
思いつたネタに対して、どういう形にするのが一番面白いかという事を何度もプロットに起こしてラフを作りまくって、一番良さそうなのを選んで執筆する。
そうやって作ってると、ひょんな所からコンセプトとストーリーが一致するアイディアが生まれたりして、AでもBでもないCパターンで上手くいったりもします。