むしろよくある、あるある設定な。
最近のファンタジーは「世界の真理」を突き詰めようとするとどうしても科学的な方向に行きがちなので。私も珍しいことではないと思います。

ただ注意が必要なのは、その最初に提示されている「剣と魔法のファンタジー」の世界観の雰囲気が良い意味でクラシックさがあって、その雰囲気が好きで読んでいらっしゃる読者にしてみる方からみれば、「やっぱりSFになった……」と落胆してしまう可能性があります。

ですので「上手いこと伏線を張って少しずつ存在を仄めかす」という手法は妥当ですし、普通に効果的だと思われます。