違いを出したいなら違う所を押し出すしかないので、
＞全く史実の室町時代とは異なります。
その異なる場所を書いていくのが一番でしょう。
「魔法」でなくとも、よくある和風ファンタジーでは妖怪を出すことで違いを伝えやすくしていますし、それさえ無かったとしても、パッと思い浮かぶのは漫画「銀魂」ではハッキリと違いがわかります。
漫画は絵があるからというのもあるけど、構成的に考えると銀魂は絵がなくても違いがわかる展開になってると思う。

また、手っ取り早い方法としては、ネーミングで差別化を図るのが楽です。
名前は基本的に何でも良いモノですが、何でも良いからこそこうした印象操作の小道具として使うこともできます。
まあ、手軽にベタな手段で良いなら「ネオ室町」とかにすりゃ、誰がどう見ても「室町時代をモチーフにした別モノ」とわかります。

または「信成」とか当時の名前に対して「古くてダサい、イモい響きだ」と馬鹿にするキャラを出したり、そのキャラの名前が「振門体（ふるもんてぃ）」とか現代でありそうなキラキラネームだったり。
というか仏門にありそうな字面で、逆にキラキラネームはいじりやすそう。
この例は、いうなれば「信成」という名前のキャラが「史実の室町」を象徴する名前で、「キラキラネーム」が「室町とは違う世界観」を象徴してるので、そう考えりゃ割と簡単ですよね。
「キラキラネーム」が「信成」に対して「おまえとは違うんだ」と言ってやれば良いわけですから。
その場面だけが必要なキャラなので、サブキャラどころかモブキャラで十分成立するシーンですし、そうしたモブのイザコザから始めて、主人公を出して二人の諍いを止めるなり解決するなりで序盤の物語が作れる。

銀魂みたくちょっとぶっ飛んだ感じにしたいなら、単純に「ネオ室町」とかにしちゃうのが楽でいいと思うけども。