誰もが知ってる史実を少し改変して出すとかですかね。
堀川幕府にするとか、三代将軍の名前を足利義満から佐野義満にするとか。
特別に理由がなければ、最初に架空世界であることをわかりやすく提示したほうが良いと思います。
それで室町時代とは違うということを示した後に、今度は逆に室町時代と同じ事柄を描写していく。これで大丈夫だと思います。