おおかた問題ないでしょう。
それをパクリと言ったら、ペルソナシリーズのペルソナ能力は、どー見てもジョジョの奇妙な冒険に出てくるスタンド能力。
問題なのは「その設定で何をするか」という話。
この「何をするか」というのは正確には「ストーリー」という意味ではなくて、文字通り「その設定で何をするのか」という事。
わかりにくいと思うので例を出すと、女神転生とペルソナは「別のストーリー」ですよね。それどころか「女神転生」と「真女神転生」のストーリーも別ですよね。
「オリジナルのストーリーだ」と言っても、「やってること」が同じだと同じようなものなので、「何をするのか」を根本から変えないといけない。

例えば、「異世界に召喚されたヒロインがポケットから不思議道具を出して～」となったら、これって異世界でドラえもんしてるだけですよね。
ストーリーをオリジナルにしたって、設定をポケットじゃなく小箱に変更したって結局やってることはドラえもん。
人が「パクリ」と感じるのはこの「やってること」の部分。
アイディアや設定は単なる道具なので、同じ道具を使って別物を作ればいいだけだし、道具を使うことに対して文句が出ることは滅多にないです。
既存の設定を参考にするのは別に何の問題もないし、場合によってはまんま使ったって問題ないです。

しかし、既存作から流用するとどうしても「既存作のイメージ」が作者自身につきまといます。
意識してなかったとしても、意図してなくても、偶然「同じになってしまう」という事が多いです。
意図して違うものにしようとしても、むしろそれだとより意識してしまうので「同じ」になってしまう事が多いと思います。
正直、プロットを見た時点で何となくわかったりします。指摘しても筆を折るだけだから滅多に言わないけども。
前述した通り「やってること」あるいは「やりたいこと」が元ネタと同じなんで、設定が全然違ったとしてもわかっちゃう。
なので、こういう心配があるときは、逆に「女神転生のネタを流用しよう」「元ネタはコレですよ」と胸を張って言えるようになることが大事です。
そう考えると気にならないんで、「既存作のイメージ」に流されることなく自分の話を書けるようになり、かえって同じにならなくなる。と、思う。