個人的に『君の名は』を観て東京っぽいなと思ったところを列挙してみる。
・部屋のシーンで収納がやたら目につく（恐らく部屋数が少ないため）。
・屋上グラウンド（土地が狭くて校庭がない）。
・瀧のバイト先店内に階段（床面積が狭いかわりに複数フロアを使っている）。
・電車を降りると住宅街に結構坂が多い。

　基本的に東京を特徴づけるのは、鉄道交通への依存度の高さ、土地の狭さ、階段などの垂直方向への移動の多さじゃないですかね。これ以上は区によっても町並みが変わってくるし、一概には言えない印象。
　あと学生だったら例えば観光地の銀座を歩いても、高級クラブやファッションブランド、百貨店のような「自分たちの世代をターゲットにしていない」店は、多少店構えが派手でも記憶に残りづらくて、街区に点々とあるドンキやファミマといった庶民的な店舗のほうが印象に残りそうな気がする。あとはただ無機質なでかいビルが並んでるだけ、みたいな。あの辺りは画廊とか美術商も多いからアートに興味ある若者だったらまた違った印象を持つかもしれないけど。そういう「見る人によって街の見え方が違う」要素を意識するとそれっぽくなるんじゃないかと思う。たとえば高校生が"ちょっと友達と雑談する"ために都合がいい店ってだいたいマクドナルドくらいの価格帯や回転率のところだし、東京でも郊外でも田舎でもみんなまずはそういう店の場所から覚えてくよね、っていう。