その主人公が現代人でなくFateよろしく歴史上の人物であるなら、それは漫画「ドリフターズ」と言ったほうが良いでしょう。
要約すると時代を問わず異世界に呼び出された偉人たちが二つの陣営にわかれて戦う、みたいな内容の漫画です。
多分「なんだ、構想してたの既にあるやん」と思うんじゃないかと思うんですが、そうではなく。
「それでも良いんだ、これで問題ないやん」と考えましょう。
ちなみに、Fateとドリフターズは設定面では舞台が異世界か現代かバトルロイヤル方式かどうかというだけで、偉人をテーマにバトルものしてる事については変わりません。しかし差別化できるほどそれぞれ個性的で、「似てると言われりゃ似てるかもしれんが、別物でしょ」と思います。

確かに、モノによってはちょっと内容を聞いただけでパクリ元がわかるくらいの作品もありますが、御作の場合どちらかと言うとドリフターズの名が先に出てくるでしょうし、Fateと似てるなんて微塵も感じませんでした。たぶん主人公は偉人ではないだろうし。
作者が似てると思ってるだけ、ということはよくあります。

次にオリジナリティについてですが、生み出すことが出来なかった場合、見つけ出しましょう。
例えば「異世界で異能バトル」という時点で個性があるんじゃないでしょうか？
異世界と言えばファンタジー、剣と魔法という先入観があるところに、魔法ではない能力の戦いですから。
チート能力というのはよくありますが、よくよく考えるとこのチート能力ってサポート系なのが多くて、そのチート能力で直接的に戦闘してる作品はあんまり無いんじゃないかなと思う。
すると「異世界で異能バトル」が個性なので、これを全面に押し出す設定・展開・演出になり、作品の方向性が見えてきます。
「読者に何を見せるか」を意識すると、自分の作品のオリジナリティを発見しやすいです。

世の中、似たような設定の物語はラノベ漫画問わず腐るほどあるでしょう。偉人をテーマにしたバトルものだけでもざっとFate、ドリフターズ、シャーマンキング、文豪ストレイドッグス、もろもろあります。
「設定」は似てても良いんです。それで問題ないです。
その設定で何をするか、が似てるとパクリと言われます。
だいたい、１０年くらい前の流行は「異世界・魔界など現世以外の場所からヒロインがやってくる」という設定で、今は「現代主人公が異世界へ転移・転生する」という設定で、流行自体が「立場を入れ替えただけのもの」です。
ちなみに更に１０年前になるとやはり「異世界へ旅立つ」が流行ってたので、そもそも「立場を入れ替える・逆のことをする」というのは物創りにおいて基本です。
設定の時点で似てると思ってしまうというのは、自分の好きなものを設定にしたら自分の好きな作品を連想してしまった、というだけの話です。
それをそのイメージのまま書けばそりゃ既存作と似てくるでしょうが、ここで問題なのはイメージのほう、つまり展開、内容、やってる事、なので、設定は問題ではありません。