こんばんは、のんです。

＞その場合どんな欠点を描けばいいのでしょうか？
　物語のキャラクターにおける欠点というのは、困難をぶつけるための布石だと考えています。ですから、どういった困難をぶつけたいのか、話の本筋は何か、それしだいですね。

　また欠点と言っても本人の性格や能力に限りません。単純にお金が無かったり社会的地位が低かったりしても良いでしょう。困難にさえぶつかれば問題ありません。
　何でしたらハイスペックであること自体を欠点と捉え、僻みから周囲に足を引っ張られていくのも面白いと思います。数の暴力は強いですよ。

　それから、共感型でない憧憬型主人公と割りきって、欠点を作らないのも一つの手です。最終的に勝つのが主人公だとして、圧倒する必要は有りますか。無ければ同レベルの敵を用意するだけで困難の完成です。
　が。もちろん凄い人（達）が凄い事を淡々とこなすのと、普通の人が普通の事を淡々とこなすのは、読者側から見ても同一になります。主人公最強モノで他者にスポットが当たりやすい所以ですね。その点のみ御注意下さい。