「欠点がある」と考えず、「問題がある」と考えれば良いでしょう。
例えば「主人公は史上最強。でも性格に難がある」とすると、この歪んだ性格が個性なので面白くなるわけです。
「欠点」にこだわりすぎてるように思います。

長所も短所も見方次第なので、強すぎる事自体が欠点になることだってあります。以前例に出したワンパンマンはまさに強すぎることが主人公の悩みでそれ故に満たされないという欠点（主人公の問題点）がありました。
欠点、問題点というのはモノの見方なので、なにも「劣ってるモノ」の事ではありません。
モノの見方となると、そもそも「どのように見るか」が決まってないとどうしようもありません。
物語によってキャラクターの見え方は変わるので、すなわち物語の大筋が出来てないとどうしようもないと思います。

例えば、よくあるのが「主人公の欠点は優しすぎることだ」というセリフですが、人間的に「優しいこと」は別に欠点ではないし劣ってるわけでもないし、それは単なる個性でしょ。
でも、こうしたセリフが出てくるのは主に戦闘モノでしょう。
戦闘面から見れば優しい性格には問題があるし、情に訴えられたら困るから欠点でしかない。
そして、その欠点とした優しさが物語の切っ掛けとなったり物語のまとめになったりする。
要するに、そういう物語の大枠、「こうやって物語が始まって、こういう切っ掛けがあって、主にこうこう事をして、ここで話がまとまる」という、しいて言えば「どういう話が書きたいか」が決まってないと、どうしようもないです。