逆鱗という言葉があります。誰にでも逆鱗はあるものです。
そこに触れると、穏やかな人でも狂ったように怒ります。

違和感があるということは、その逆鱗を決めていないか上手く表現できていないのでしょう。
例えば、有能な女は今まで失敗したことがない。それが一度主人公に関わったがために何もかもが上手く行かなくなった。もとを正せば主人公のせい。それが八つ当たりだと自覚していても怒らずにはいられない。何もかも主人公が悪い。
という感じなら自然だと思いますが、これは「有能で失敗したことがない」という前置きが伏線になっていて、これをしっかり印象づけるよう書かないと、同じように書いても違和感は残ると思います。
つまり、それがこの有能な女の逆鱗だったわけですね。

なので例えば、有能な女を慕う部下のドジ娘なんかを出して、有能な女をヨイショしまくる。慕ってるオーラを出しまくる。それが主人公に関わって失敗してからドジ娘にまで失望の眼差しで見られる。そんなシーンを用意したりして、「有能な自分に誇りがあった」という事をわかりやすく伝える工夫が必要かなと思います。

もちろんこれはただの例であって、話の本質はこうした「逆鱗」あるいは「琴線」や「ツボ（笑いのツボとかそういう意味の）」と考えても良いですが、「激昂するため」のスイッチをしっかりと描写していくことが大事です。
もっと創作的な言葉で言えば、「激昂」するための伏線をしっかり書けば違和感はないよ、とそれだけの話ですね。

話が反れますが、「伏線」って「序盤から考えてた俺すげえ」みたいな勘違いした認識の人がチラホラいたりしますが、基本的に伏線というのは「無理な展開」を自然に見せるための技術で、こういう悩みのときの解決法はだいたい伏線を置いとけばまるっと解決します。
今回の場合は、有能な女が怒るための要素（私は逆鱗と表現したけども）を前もって伏線にしておけば、「冷静沈着な有能女がいきなり怒り出して違和感」ということにはならないでしょう。