どうも、みりんです。
いつぞやはお世話になりました。
悪役に関してって、悩みますよね。私も現在進行形でもやもややっているので
偉そうなことは言えないんですが、雑談しに来ました(笑)

＞理由付けをしようとする度にスケールの小さい悪党みたいな印象になってしまいます。
＞だからと言ってスケールを大きくするとストーリーの規模が大きくなりすぎますし

いま「アベンジャーズ」見てたんですよ。
でですね。アベンジャーズでは、2時間程の映画ですが、世界平和を守るためにヒーローたちが敵とドンパチやってるんですよ。
地球を守るというスケールの大きさにも関わらず、2時間ちょっとで尺を納めている。ここから導きだされる結論としては、敵のスケールの大きさと、ストーリーの尺は関係ないってことだと思うんです。
ストーリーの規模っていうのが、ストーリーの長さ、尺という意味でなかったらこの意見はスルーしてください。
あと、アベンジャーズの敵役「ロキ」は、味方のひとりを魔法で遠隔操作で思いのままに操ってヒーロー陣営を困らせていました。つまり、敵陣営が複数人いて、かつ上下のある人間関係が生れていて、かつ同時に違う場所でそれぞれ違う行動をしているところが、厚みがあるなと思いました。
（例：ロキがヒーロー陣営に掴まって檻に閉じ込められているとき、支配下におかれていたホークアイはロキを助けに単身ヒーロー陣営の戦艦に乗り込んで来た）
なので、誘拐犯グループの中で上下関係のある人間模様を描き、かつ別行動をさせると奥行きが出て同じ目的を達成しようとしつつもスケール感を演出できるのではないか？　と思いました。
敵対者の動機のありきたりさの解消にはなっていないので、ご質問の答えにはなっていないのですが、まあちょっと思ったので言ってみました。
私も掲示板で遊んでばかりいないで、自分の作品考えなきゃですね(笑)

ではでは。