＞ところで、こうなってくると、後半の流れをどのように筋立てたのかも気になります。

具体的なアイデアではなく、単に大枠をイメージしただけなのですが。

１）ストーリーの前半では大切な人を主人公が全幅の信頼をよせる助力者として描く
２）ところが大切な人はダークサイドの影響を受けて敵に回る（ように見える）
３）主人公は苦渋の決意でその人と決別
４）大切な人を闇に誘った悪の首魁との対決
５）主人公は最大の危地に陥るが、すんでのところで大切な人に救われる。しかし、大切な人は命を落とす
６）大切な人の闇堕ちしたような振る舞いには理由があり、闇の懐に入りながらも秘かに主人公を守ってくれていたことを知る
７）闇の首魁を倒す
８）大切な人の面影をしのび、痛切な想いにかられる。「あの人は星になって、これからもずっと私たちを見守ってくれている」

こんな流れです。
で、魂を星に変える能力については。

前半では主人公は無邪気に善と信じている　→　後半の大切な人との葛藤を通じて疑問を抱くようになる　→　大切な人の真情を知ることにより、苦渋の想いを抱きながらももう一度前を向く決意をする

という感じ。

ちなみに。
先の書き込みに書いた「誰かを救うということは、他の誰かを救わないということ」というフレーズは、『Fate』の衛宮切嗣が士郎に言っていたセリフ（だったと思います）。印象に残っていたのでひょいと書いてしまいましたが、念のため白状しておきます。
アニメからの引用ついでに『まどマギ』の主人公とあるサブキャラの会話から。（心意気を表すセリフなので、ネタバレというほどでも無いかなと）

「希望を抱くのが間違いだなんて言われたら、私、そんなのは違うって、何度でもそう言い返せます。きっといつまでも言い張れます」
「いいんじゃねぇの。やれるもんならやってみなよ。戦う理由、見つけたんだろ？　逃げないって自分で決めたんだろ？　なら仕方ないじゃん。後はもう、とことん突っ走るしかねぇんだからさ」