答えようがない、かな……。

正直なところ好みの問題なので、どちらでもとしか言いようがないのだけど、Bが死ぬ前提で話を盛り上げているにも関わらずひょっこり出てきて実は生きてたと言われても盛り下がるし、生きてそうな期待を持たせておきながら本当に死んでるとガッカリする。
つまり、展開で悩んでるのはラストの事なんだろうけど、これはラストのみの話じゃなくてラストを飾るための、そこへたどり着くための道筋の問題。
でも、現時点で悩んでるってことは、この道中も「死んでもいいように」「生き返ってもいいように」とフラフラしながらどっちでも良いような内容を考えてるんだと思う。
どちらかに決めてるなら悩まないのは道理だしね。
となると、Bの死を盛り上げるため死ぬ前提で話を盛り上げるとしつつも実は生きてそうな期待感も持たせる内容、いいとこ取りをしようとしてどっちつかずの曖昧な内容を考えてる可能性があるんじゃないかな？
そうなると、どっちがいい？　と問われても、どっちでもいいようにしてるんだからどっちでもいいんじゃないの、としか答えられない。

個人的には死ぬ展開で考えた以上は死ぬ展開で考えたほうが良いと思う。
「実は生きてた」だと、死んだと思って行動してた展開がほぼ全て茶番になるし、Bが死んだと勘違いしてラスボスを倒したって話は締まらないでしょ。
でも、そのままだとAに救いがない、という事も考えられる。コンセプト的にそれがOKな話ならそれで良いけど、何かA（主人公）に救いを残したほうが読後感がスッキリするので、この場合は「Bは実は生きてた」としたほうが良いとも言える。
「実は生きてた」にしても五体満足とは限らないし、ありがちだけど便利でよく使われるのは「息を吹き返したがBは記憶を失っていた」とかBにはBで命以外の何かを失ってる、というパターンがありますね。