初めまして、竹牟礼　基さん。ニシンと申します。若輩者ですが、竹牟礼さんのお力になれればと存じます。
まず、「話の筋を作りながら物語のテーマにぶち当たるまで思いつくままに書いていていいんでしょうか？」という質問から回答させて頂きます。これは「いいです」と言えます。私の経験でありますが、「とにかく世界観を構想していたら、作品のテーマが見えた」という事がありました。ですので、書いている内にor構想中にテーマ浮かび上がる事はままありますのでアリです。
ですが、だからと言って「テーマを決めてから物語を作る」という事をやめてはいけないと思います。　
と、いうのも「どちらの作品の作り方でも作品は作れるから」です。
どちらかの作り方を否定し、行わなければ、その作り方で産まれたかもしれない作品を産まれる前から殺してしまう事になります。それは、あまりにも勿体無いと思いませんか？
あともうひとつ。
「その師匠の言う通り書いてみたのですが、やはり自分の作品が書いていても面白くないし、見ていても面白くない」とありますが、そりゃそうです。なにせその作品は叩き台となるべく作られた物ですから。師匠さんにも言われているではありませんか。
「テーマというものは物語の最後でぶち当たるものだからどんどん書き進め。 出来上がったものが面白くなくても話の筋はできているはずだ。 それをたたき台にして推敲すればいい」 と。叩き台、つまりその作品は原案です。最初の原案から面白い作品を書ける人間がいたら化物です。かの「鎌池和馬 」氏も「とある魔術の禁書目録」を執筆する際は担当さんと殴りあいのような討論を交わし、作品を形にしていったらしいです。プロがそういうプロセスを歩んでいるのに我々アマチュアがいきなり原案から面白い物を作る事など難しいです。
個人的な感想ですが、小説を書く事はダイヤモンドのカッティングに似ていると感じます。最初はいびつな原石でも、カッティングにより美しい宝石へと姿を変えるのです。
「書いていても面白くない。見ていても面白くない」
良いではありませんか。書いても見ても面白くなくても。その作品に足りない部分、なぜ面白くないのかを探求し、形にしていけば。その作品はもしかしたらダイヤモンドの原石かもしれませんよ。あとは作者である竹牟礼さんのカッティング次第です。諦めない事が肝心です。
次に「アスペルガーの作者がアスペルガーを題材にしていいんでしょうか 」について回答させて頂きます。
この辺りはナイーブですので、どうすれば良いのか難しいですよね。経験があります。私は宗教でしたが。
その際の、個人的な感想です。「宗教にせよアスペルガーにせよなんにせよ、その事柄に対して傷つける様な内容を書かない事。もし書くのであれば、強烈な批判を覚悟して書く」という事です。逆に言えば「人を傷つけない内容なら書いても良い」という事ですが、「傷ついた、傷つけられた」という線引きは人それぞれなので難しいですが。
ただ、一番悪いのは「書きたい事を書かない」という事ではないでしょうか。曖昧に書くのであれば最初から書かないで別な題材で書けば良いだけの話です。　
とにかく書く。書いて送って(投稿して)批判を食らったら直す(ただし、全部直すんなら意味がない。それは両立させる様に努力する)
とにかく書いてみて第三者に批判なり称賛なり評価を貰ってから考えた方が良いです。何も始まってないのに未来に怯えても勿体無いです。

長文失礼いたしました。