「改心してないのに仲間になるのはいかがなものか」というのは、言い換えると「仲間になってる理由がわからない」ということでは。
読んでない以上正確にはわかりませんが、この作品の場合の「改心」というのは「根本的な問題の解決」という事でしょう。
すると、「対立してる根本的な問題は解決していないが仲間になる」という展開なわけで、それ自体はよく見る展開だし、無理ということはないと思います。

これはどーなんだろ。キャラの問題だろうか？
「スカーを外したほうがすんなり行って納得できる」という話ではなかろうか。
物語を整えるならスカーを外すのが最短の解決方法だし、外したくないなら展開を整える事が必要、なのでは。
物語自体は
＞一度や二度注意されたところで改心するような奴はそうそういないんですよね。
と書かれてるので、それを書こうとしているのだから、この場合スカーを外したらベアトリクスはいじめる相手がいなくなってしまうため書きたい事が書けないですよね。
であれば、キャラではなく展開を整えたほうが良いのでは。

ご友人が言っているのは、書かれてることだけの情報で考えると、「仲間になる理由がわからない」「その原因は二人の関係にある」「二人のうちスカーは作風に合わないから外したほうが良い」という事ですよね。
「作風に合わないから」に関してはわかりませんが、「二人の関係」に関しては「仲間になる理由がわからない」ために起こるので、「仲間になる理由」に納得できれば問題ないのでは。

物語の詳細がわからないので半分以上想像で書きますが、
まあ、よくある王道で言えば「敵だったキャラが仲間になる」という少年漫画的展開がありますよね。
これは「敵対する必要がなくなった」から説得から協力することもあるだけで、別に仲良くなったわけではない。
マリンさんの作品の場合、
＞彼女がスカーをいじめることで主人公のエリカと敵対する。
とあるので、「敵対する必要がなくなる」のであれば、スカーがいじめられてる問題が解決しなければならない。それが敵対してる理由なんだから。
しかし解決せず仲間になってしまうので、改心しない以上は主人公エリカはなんのために奮闘してたのかわからないし、仲間になる理由もわからない。
ここからスカーを外せば主人公とベアトリクスの対立になるので、戦うなり説得なりでベアトリクスが主人公を理解すれば敵対する理由がなくなり、すんなり行く。
たぶん、現状こうなってるのでは。

もし、そうかもしれないと感じたのであれば、解決方法は簡単です。
「敵対する理由」を変えれば良い。
勝手に設定を補完するけど、例えばベアトリクスは主人公の事も嫌っているとして、座学を捨てて実践だけの主人公がチヤホヤされるのが気に食わない。主人公が実力に見合わないスカーを庇う姿にも腹が立つ。自分は座学も実践も頑張ってるというのに、という感じ。
すると序盤の「敵対する理由」は「ベアトリクスの主人公に対する嫌悪感」になるので、これが解消されれば仲間になる事に不思議はない。
ベアトリクスはスカーをいじめてるしそれは進行形だけど、ベアトリクスが認めたのは主人公だけ（極論で言うと主人公に対してのみ改心してる）なので、仲間になった後もベアトリクスがスカーを毛嫌いしてることには何の不自然さもないでしょう。