昨日は建設的な意見を言えなかったので反省。追記します。

スカ―とベアトリクスのストーリーに思い入れがあるのであれば、
スカ―を主人公にしてはいかがでしょうか。
そして、誘拐されるピーチ姫ポジションをエリカにするのではだめですか。

感情移入先の主人公に欠点があるなら、読者も受け入れやすい、同情・共感しやすいと思います。
例えば、リゼロのナツキスバルとか、うざいと定評がありますが、作品は人気です。

＞スカー（仮名）
自分が一番強いと思っている困ったちゃん。しかし実際の戦績は芳しくなく、態度の悪さから同級生からは嫌われている。

スカ―のこの設定だけで言えば、「NARUTO」の初期のナルトにも共通点があると思いました。
ナルトの場合、実際は自分のことを過大評価している訳ではないですが、火影になる！と言って
失敗やいたずらを繰り返し、同級生や里の住人に嫌われています。
ライバルキャラのサスケや憧れの女の子サクラにも馬鹿にされています。

欠点のある主人公では、ライバルにマウントをとられながらも、喧嘩やいざこざを繰り返しつつ、
仲良くなる、という展開が書きやすいです。

また、私のすきな「アベンジャーズ」では、「アイアンマン」と「キャプテンアメリカ」の
ふたりのヒーローは正義の味方同士でありながら、口喧嘩が絶えません。
味方同士が喧嘩しながら、共通の敵に立ち向かう、というパターンは人気があると言えますよね。

スカ―を主人公にする案だと、誘拐のストーリーでの悪役の設定や、学園などの世界観設定、
キャラクターそれぞれの基本設定など、再利用することができます。

ベアトリクスが、嫌いなスカ―を助けに行く動機は作るのが難しいかもしれませんが、
ライバルとして認めているエリカを助けに行くなら、動機も比較的作りやすい気がします。

まあ、勝手な思いつきなので、合わなければ捨ててください。
では！