１では完全に討伐するのではなく、結果的に少女の記憶がなくなる。
エンディング：繁華街で、少女の兄もしくは少女のことが好きだった他の男あるいは少女の友人（誰でもいい）が一緒に、楽しそうに少女の車椅子を押している場面に遭遇した主人公。少女が落としたペットボトルが主人公の足元に転がってくる。そのとき絶妙なタイミングで次の指令が届く、主人公はペットボトルを拾わずにその場を後にする。

→主人公以外と結ばれたけど少女は幸せそうだったからよかったね、ハッピーエンド。

２は①客船沈没事件/②真犯人/③敵幹部/④主人公達の活躍/⑤客船沈没させるよりも再び足が動くようになるほうが遥かに難しいテクノロジー、このあたりの設定回収。
①～⑤について少女が埋もれないように文章が書かれているなら、下半身不随かどうかはどちらでもよく、もちろん読者が求めるラスト（ハッピーエンド）に誘導するのもいいと思います。

→再び水泳に復帰。から話を始めて少女を物語の中心にもってくる。あるいは、客船沈没事件にはパワーを受け取った事で再び足が動くようになった人間が例えば300人はいて、主人公もそのうちの一人だったとか、もっと大きな嘘で覆い隠すか。思いつくのはこんなところです、何かのお役にたてば幸いです。