すごく難しい題材ですね……これをラノベでやるとなると読者を納得させる結末にするのが大変そうです。なんせラノベですからね。「女の子が不幸になる姿」なんて見たい読者はいないはずです。むしろ救い出す方がラノベっぽい内容ではないでしょうか。
参考になるかはわかりませんが、大人向けの内容の漫画の話を一つ。こういう病気や障害をテーマにした作品は多々ありまして、いずれも「病気で子供が苦しむ」「その姿を見た母親が嘆き悲しむ（大体母親が視点主です）」「それでも病気を受け入れ、その上で生きていくことを決意する」と、こういう構成になっています。病気が治ってハッピーエンドではありません。一生治らない病気と向かい合って生きていくことがテーマだからです。
こういう作品で必ず登場するのが「病気に負けない支えを得る」という展開です。女の子の足がまた悪くなってしまうのなら、それを受け入れて生きるだけの支えを与えてやってください。できれば主人公にそれをやらせるのがいいです。