いいんじゃないでしょうか。
一昔前のゲームですが「ひぐらしのなく頃に」はノベルゲームだけど一本道のシナリオで複数の終わりがある内容です。
これは当時流行ってたループものなわけで、一つの話を終えたら最初に戻って別の話、それはループしていたからです、という形になっていた。
マルチエンディングを小説で表現しようという試みはそれなりにあると思いますが、このループものとの相性が良すぎて他が廃れた感じがします。
タイトル忘れちゃったけど、最終巻がヒロイン版とサブヒロイン版で２つあるラノベなかったっけか。

ラノベ作家は意外といろいろ挑戦してたりしますよ。
ウケるかウケないかではなく、やりたいことをどう表現しようか、と考えれば新しい方法が生まれるかもしれません。
そしてそれは当然ながら前例が極端に少なく、あるいは無いので、挑戦することに二の足を踏むかもしれません。
しかしそれはきっと面白いのでとりあえず書いてみると良いでしょう。