なろうでもいくつか見たことありますよ。流行りにはなっていませんが。
他の方も仰っていますが、R18との相性がよく（要するにお好きな相手とどうぞ、ということで）、最初からそういう意図で書かれているもの、本編終了後にサブキャラに人気が出過ぎたのでそちら方面へのファンサービスで書かれたと思われたもの、などがありました。

前者は全体として短めだったので「そういう試みで書かれたんだな」と思っただけでしたが、後者は本編のほうがしっかり長編のハッピーエンドだったため「本編で思いっきりフッたサブキャラとの話出されても……」という気持ちになることもあったり。

他には、恋愛系というわけではなく「ここが運命の分岐点」というような状態でハッピーエンド・バッドエンド二通りあるものがありました。どちらも決して面白くないわけではなかったのですが、選択肢が妙に理不尽に思えたので（相手をしっかり気にかける行動を選んだほうがバッドエンドだった）、読後にモヤモヤ感が残らなくもなかったり。

……とかいいつつ、自分もIFバージョンを書いたものがあります、本編を書き終えてからいちばん迷った分岐の可能性があった箇所がずっと気になって書いてみました。それは結局のところ本編と同じ方向に行きついたのでその時点で筆をおきましたが、他人に見せるかどうかということになると悩みます。

ヒロイン３人というと、fate/stay nightのようにギリギリ飽きない構成にできるか否か、といったところかと思いますが、ノベルゲームのような体感を小説でも感じてもらえるか、というところでは難しいかも、という気がしています。
一作くらい試みるのはいいんじゃないのかな、くらいには思っています。