以下はあるいは私見にすぎないかもしれませんが。

プロット上のパーツとして配置されるキャラクターの重みと、人気投票は違うと思うんですね。
要所要所で重要な役割を果たす魅力的な脇役っているものですが、それでも脇役は脇役。主役やヒロイン、作中に一人出て来るかどうかというレベルの主役級の重要キャラよりも、どこかで意図的に薄くしておくようなコントロールが必要なんじゃないかと。
脇役の心情、バックボーンとなる過去のいきさつなどは、仄めかす程度に見せるのは効果的な場合もあるでしょうが、あまり濃密に描かない方がいいように思います。

ただしワンピースのような大長編は別。あれは群像劇ですから。
群像劇だけは脇役に主役級の扱いを与えることが可能な形式です。