ストーリーを描きながら設定づける場合、本編で使われない余計な設定が減る一方で新しい設定が増えるごとに矛盾が生まれないよう気を配る必要があります。いわゆる後付け設定です。すべてを設定してから書き始める場合は設定段階で矛盾を解消できる反面、ストーリーに関係ないので省く、キャラクターの造形に使うが直接の描写はないといったものが多くなるでしょう。いわゆる裏設定です。どちらの方法をとるかは作者次第ですね。
　設定の練り込み度合いについてですが、自分の場合はストーリー、キャラクター、世界観の３つのうち世界観を重視しています。例えば、モンスターがいる世界なら現代社会とは違った社会になっているだろう、社会が変われば人々の暮らしにも変化が現れる、その世界に暮らす人々はどのような日常を送っているのか？　という具合に１つの設定からいくつもの問いが生まれていくわけです。また個人的にキャラクターから考えるよりもご都合主義感が減るような気がするので。
　思いついたことを片っ端からメモしているのですが、設定の整理ばかりで執筆に進めないという状況です。設定沼にはまっています。設定はほどほどに。