素人目からコメントさせていただきます。
乱文お許しください。

1、アスペルガーの作者がアスペルガーを題材にしてよいのか
良いか悪いかで言えば良いと思います。実体験を元にされているのなら、より真に迫った表現ができるでしょう。
しかしながら、自身でアスペルガーという設定を物語に絡めることができない、設定がまとまらないと自覚されているように、アスペルガーとファンタジーというのは実に組み合わせ難いテーマです。
「発達障害✖️ファンタジー」は見たことがない。とおっしゃっていられましたがそれにはいくつかの理由があると見られます。
1つは、先述したように非常に組合せるのが難しいこと
もう1つは、物語というものは読者が感情移入できて初めて感動を与えられます。発達障害者は決して少なくはありませんが、多いわけでもありません。読者の多くは発達障害を持たない方々となるでしょう。
最後に、懸念されているとおり、一歩間違えれば炎上しかねない物語にするには非常にデリケートなテーマとなってしまいます。

まとめますと、アスペルガー自体を物語に出すことは決して悪いことではありませんが、テーマとしての扱いの難しさから、取り上げない方が無難かと思われます。

2、「物語のテーマにぶち当たるまで話の筋を掴みながら場当たり的に書いていき出来上がったら推敲する」という書き方でも大丈夫なのか？
正直素人の私としてはこちらについてはなんとも言えません。
ただ、貴方の師匠は幾度も経験を重ねてその方法を導き出しています。貴方には貴方なりのまた違った方法があるのではないでしょうか。
無理に師匠に合わせることはないかと思います。

だらだらと長くなりましたが、このコメントが何か助力になれたら幸いです。