魔術にしろ科学にしろ、物理現象の説明体系であることに変わりはない（たとえば雷の原因であれば、それを雷神にもとめるか地表と上空の電位差にもとめるかの違いでしかない）ので、ある兵器のうち一部分は先端技術によって作られており、別の部分は魔術的な仕組みによって動作する、というようなハイブリッドは可能でしょう。
　設定の整合性を保つ難易度は上がりそうですが、受けないことはないと思う。ラノベだと魔法科高校の劣等生とかあるし。