完璧主人公がNGっていうのはたぶん成長物語を前提とした発想なんじゃないかな。主人公が何らかの試練に直面し、なんやかんやあって成長して試練に打ち勝つという枠組みの物語。その場合は物語が結末に至るために主人公の成長が不可欠なので、最初から完璧なキャラクターは扱いづらい。
　一方で、いま流行している完璧主人公の系譜はざっくりいうと推理小説の枠組みなんだと思う。人間ドラマ要素は脇役やゲストキャラに任せて、直面した困難にどうやって対処するか（＝ハウツー）の快感を読者に与えることだけに特化したタイプ。推理小説の探偵だけじゃなくて、水戸黄門とか必殺仕事人とかゴルゴ13とか古くからあるパターンではあるのだけれど、ラノベだとかつてはめったになかった印象。なろう系をラノベに含めていいのかどうかは意見が分かれるところかもしれないけれど、以前とはラノベ（的なるもの）に求められるものが変わってきていうというのはある気がする。
　ただ、その場合も感情移入して応援したくなる雰囲気のキャラクターが脇に配されているのが基本だし、共感ベースの物語が不要になってしまったわけではないことには注意すべき。主人公が"読者の共感"を請け負わないタイプの物語には、たいていその役割を肩代わりするキャラクターがそばにいるものです。