＞あの作品の良さをどう自作に落とし込むかが、全くわからなくて困っています。
そのためには、まず該当作品の「良さ」を正確に把握する必要があります。私は読んだこと無い作品なので存じ上げません。
ですが、既存作のような作品を作る方法は知っています。
繰り替えし私は該当作品を知らないので、まあドラえもんあたりで試してみますか。
ドラえもんのプロットは単純で、その物語は要約すると
「のび太がイジメられる」「ドラえもんに泣きついて道具を出してもらう」「ジャイアンを見返す」「機械が故障して調子にのったのび太が酷い目に合う」
って感じの自業自得な話があったりする。
これを、パクればいいんですよ。
「主人公が嫌な思いをする」「頼りになるキャラに泣きつく」「相手を見返す」「やりすぎて自分に被害が出る」で、おわり。
ほら、よく似た話は出来るでしょ。

たぶん、パクリは良くないものと考えて、これまで避けてきたんじゃないでしょうか。
確かに「盗作」は良くない事ですが、だからって真似ることさえ放棄したら、それは教科書を見ないで勉強するようなものだし、参考書籍を捨ててるようなもの。
で。
例えばドラえもんの場合、
「のび太がイジメられる」「ドラえもんに泣きついて道具を出してもらう」「ジャイアンを見返す」「機械が故障して調子にのったのび太が酷い目に合う」
このように物語を要約しましたが、これが「具体性」です。
なので、これをパクった
「主人公が嫌な思いをする」「頼りになるキャラに泣きつく」「相手を見返す」「やりすぎて自分に被害が出る」
という物語には一応の具体性がある事がわかりますかね？
「主人公が嫌な思いをする」の嫌な思いとはどんな思いなのかなど書いてませんが、嫌な思いをすれば良い、嫌な思いをすればシーンが成立するって事はわかりますよね。
「何を書けば良いか」は具体的で、その中身の詳細が決まってないだけで、具体性はあります。

つまり、その障害をテーマにした作品を、このように要約すれば、そこには具体的な「良さ」が現れます。
そうしたら、その「良さ」に関係する部分だけを流用して自身のプロットに書き込めば良いだけです。
いきなり長編作品の要約をするのは難しいと思うので、適当に一話完結の短編、サザエさんあたりで物語の流れを要約してみるなど訓練してみたら良いのではないでしょうか。