結局のところ、
「最強フォームとそれまでの弱フォームの使い分けをさせたい」
なら、
「最強フォームを弱フォームの完全な上位互換にしない」
のが解決策でしょう。
そうすれば、弱フォームの方が有効になる状況を作り出せますから。

じゃあ、具体的にどう設定するかと考えると、
一つには最強フォームになにかしら使いにくさを持たせておくこと。
挙げておられる負担が大きい以外ですと、
・使いこなすのが困難
・時間や回数の制限がある
・特定の条件を満たさないと使えない
・他者の協力が無いと使えない
・暴走の危険がある
・使うと敵の利益になる
とこんなところが代表的かと。

もう一つとしては、弱フォームに最強フォームにはないメリットを持たせておくこと。
手塚満さんの挙げているエグゼイドのように、弱フォームのみの特性や技があるあたりが設定しやすいかと。

更なる応用としては、能力そのものの設定ではなく使用者や周囲の設定で縛る手もあります。
戦術的な話だと、敵に対策させないために使用を制限するとか、
コピーや反射などのこちらの強さを利用される技を警戒するとか。
心情的な話だと、トラウマがあって使いたくない、外見が良くないなど。
ショーとしての戦闘や使用者が戦闘狂である場合などであれば、強すぎること自体が使わない理由になりえます。
変わったところだと、強化フォーム習得済とバレると組織内で昇進させられるので隠しているという例もありました。

とりあえず思いつく内容をつらつら書き連ねただけですが、何かの参考になれば幸いです。