＞＞基本一匹狼で戦うのが性に合う主人公は個人戦での戦績は目覚ましいものの、チーム戦は苦手でそちらの方は芳しくないため実は学園での総合成績はそれほど高くない。（チーム編成は一学年ごとに可能で、今まではぎりぎり落第しないレベルで何とかチーム戦をこなしてきた）

ここの切り取りだけを見た印象ですが、
私はありうると思いましたよ。

軍の学校だと想定するならば、組織での行動が求められると思うので、
単独行動ばかり目立つ（自分の判断優先で指示に従わない）なら、総合評価は下がる可能性はあると思いました。
さらに、協調性を大事に考える教官と合わなければ、もっと成績は下がる可能性もありますし、
自分ばかり仕事をして、他の人に仕事を振らず、連絡相談報告も雑で、チーム全体を見れないなら、リーダーとしての資質は怪しいですよね。
あくまで個人の戦闘能力だけは優秀だけど、指示にもあまり従わないなら駒として使いづらそうという印象を受けます。
なので、戦闘能力のおかげで及第点ギリギリなのも、ありうるかな～って思いました。

あと、こういうキャラのように、能力の数値の差が激しい方って、
自分では一番高い能力で自分を評価するけど、
他人からは一番低い能力で評価されてしまうから、
自分が思っているより周囲から評価されないから、ストレスに感じることがあるらしいですよ。
こういう状況を創作に利用すれば、
ストレスを抱えてギスギスしていたキャラが、新しくキャラとの出会いによって、
自分の良いところを評価されつつ、自分の弱いところをやんわりと指摘してくれて、
そのおかげで欠点がだんだんと良くなって、他の人たちからも自分の活躍が認められていくという成長ものが描けそうな気がします（ちなみに私が好きなシチュです）。

＞私は「強い奴（この場合は主人公）が前に出て暴れるだけでザコの集まったチームは何もできずに負ける」というのがチーム戦のセオリーだと思っています。

スレ主さまのこだわりは、理解できました。
そういう戦い方で魅力的にみせる方法もあると思いますし、
色んな戦いのセオリーもあると思います。
それぞれのセオリーの中で、キャラが魅力的に感じられるように描けばよいと私は考えてます。

何か参考になれば幸いです。
合わなければ流していただいて構いませんので～。