まあ、私も確か一番最初の回答で「アスペを出さないほうがいい」と書いたと思うんですが、もう一度以前と似たようなことで答えます。
というかね、別に主人公がアスペでも問題ないんですよ。別にいいんです。反発もありません。
でもね、だからと言ってわざわざ「主人公はアスペです」と書く必要はないんですよ。
スレ主さんはご自身で同じミスをしたでしょう。
スレ主さんがアスペかどうかはどーでもいいんです。創作してて悩んでココに来てる。それが全て。
なのに「私はアスペです。障害持ちです」と最初に主張しまくって、ご自身の立場を悪くした。
「主人公はアスペです」とは、それと同じことを主人公にさせているだけで、なんの得にもならない設定なわけです。
別に主人公がアスペでも問題ないけど、それを言う必要はない。裏設定でいい。

それで、ツギハギだらけの本編ですが、まあ、そうなったら一度忘れるのが一番いいと思う。
特に説明不足な部分を設定で解決させようとしだしたら、もう割とグチャグチャになる一歩手前だと思う。
本筋が出来た後で付け足す設定なら問題ないけど、本筋の穴を補強するつもりで付け加える新設定は１００％邪魔になる。

ゼロから作り直せればそれで問題ないけど、そう簡単にすぐに新しいアイディアは生まれてこないので、半年から一年ほどは作品のことは忘れて、まったく別のネタを考えるなりいっそ何も考えないなりで忘れたほうがいい。
一度忘れた後で、さあもう一度作ろうとなると、旧作を下敷きにまったく新しいアイディアで作り始めることが出来るので、現実的には「忘れる」のが一番だろうと思う。

やや無理矢理な方法では、可能な限りシンプルにしてみることですね。
スレ主さんの書きたい事は、信念なり想いなりいろいろ語ってたと思うけど、一番シンプルに余計なものを削ぎ落として話の骨格を作ると、ようは「自分のような主人公が差別されてる少女を助ける話」ってだけなので、それだけをシンプルに書いてみるといいと思います。
「主人公が差別されてる少女と出会う」「少女は差別されてる事で困っている」「主人公のおかげで悩みの一部が解消する」
めでたしめでたし。
そういう、シンプルな話。

だいたい、なんで「破壊神の兄＝ヒロイン」なんて設定作っちゃったの？　スレ主さんがやりたい事とは違うんじゃない？
主人公が異世界で行動するには目的がなきゃいけないし、じゃあ破壊神を討伐するって目的で……と考えたなら、おそらくはこの時点で間違ってると思うよ。
主人公はアスペ設定だけど、差別の象徴としてはヒロインの方だろうから、ヒロインの内側に「差別される原因」を作ってそれを退治するという、そういう表現なんだろうか？
でもそれでヒロインが死んでしまうとすると、これは「差別に負けた」という表現になってしまうと思うんだけども。

ヒロインが差別される理由ってんなら、別に「そういう呪いにかかってる」とかでいいじゃん。
「この世の全てに嫌われる呪い（主人公はこの世ではない異世界出身なので対象外）」とか、「ヒロインは自分の周囲に不幸をばらまく呪いがかかってる（アスペ主人公は自分がミスって失敗してるだけと思ってる）」とか。
後編なんて作らんでも、この場だけで設定は完結する。

とまあ、なるべく小さく、シンプルに、余計な贅肉を削ぎ落としてみるといいです。もしかしたら面白い経験ができるかもしれませんよ。
シンプルにして最後に残ったものを見ると、それまでの自分が思ってもなかった内容になったりします。
あれ？　俺こういう話を考えてたんだっけ？　って。
で、そうしたらそこから、ゼロからのスタートです。

よくある、または体験談でもある事で、「せっかくここまで書いたんだから、使えるところは利用したい」とか「ネタは面白い所もあるから、流用できるかも」とか、そういう事を考えがちですが、
これもまた混乱の元なので、「せっかく書いたから」「もったいないから」といった考えは捨てたほうが良いと思います。
完結してないネタは流用しても穴だらけだから、その穴をふさぐためにまた継ぎ接ぎを……と同じことの繰り返しになる。
作者が混乱してる以上は、「完全に忘れて別作品を書く」か「リセットしてゼロから書く」かの二択じゃないかなと思う。