もうすでに書き上げているのならあまり大きく変化させるのは難しいところでしょうか。
ただ、細部を直すだけでもかなり印象が違って見えたりもするのですが。
再度見直して手を入れるのは…この掲示板内でも言及されている、下手するとエタりかねない私もやらかしてるパターンですが。

＞コミュニティの危機が訪れた際、一度、主人公がヒロイン達との繋がりを拒絶することでしょうか。
＞全てを失い、心の闇と向き合い、自分の本心を確認して、再びヒロイン達と繋がりを持つ、という流れですね。

王道パターンをうまく踏襲されているようですね。陰キャの性格から言っても自分なんかいない方が、みたいに自らコミュニティを離脱するのは自然な流れだと思います。

ただ御作の主人公は才能なし、取り柄なしの設定とのことですのでそこから活躍させるならまずはある種の底つき感を与える必要があるかと思います。

今までは自分ひとりだけだったから才能なくてもまあしょうがないで終わってたけれど彼女たちが苦しんでいるのに何もできないままでいるのは情けなさすぎるだろ、と強いショックと言うかこのままじゃだめだと言う風に主人公を追い込んで自分が変わらなきゃと思わせる必要があるかと思います。

その上で主人公に結果を出させるために知恵やらノウハウを伝授するコーチ的存在、例えばですが同じ陰キャでもめちゃくちゃ有能で行動力にも長けているが、カテゴリーエラーなんで学校内では孤立している先輩キャラとか出してみたらどうでしょうか？

最初主人公は言われるがままにするもまるで出来なくて、しくじったりもするけど彼女達のためにと不器用ながらも一生懸命こなすうち段々と出来るようになってくるとか。
先輩の方も元々ほとんど接点なかったし、主人公が号泣しながら土下座して頼み込んできた時はウザいなと思いつつも必死にやってる彼の姿を見ているうちに応援してやりたい気持ちが高まって、最終的には直接間接問わず手助けするようになる、とか。

上記のようにめちゃくちゃがんばる主人公ですが、その能力はあくまで火事場の馬鹿力的なもので事件が解決したらまた元のダメダメに戻ってしまうと言うのもありだと思います。
ゲームのキャラで、ラスボス倒せるほど強くなったはずなのに新作ではまたレベル１から？みたいな。

失礼ながら勝手に話を膨らませてしまいましたがそれらの点に私ならこうするかな、と考えてみたのですが…結局形にするのはサイドさんなんで、使えなかったらスルーしてください。

あとラブコメ部分は主人公と彼女たちの日常を描くためのものにして、主人公が彼女達（とそのコミュニティ）を守るため事件解決に向けて動こうとする動機を読者にも納得させられる材料として割り切った方がいいかと。
その意味では前半に集中して展開させ、効果的に用いるべきかなと思います。

まあでもある程度書き上げてるなら大きな軌道修正は大変だと思いますので、使えなかったらすみません。
何にせよ、執筆がんばってください。