いろいろ試して自分なりのを自分で作るしかないと思います。
メモしやすく、わかりやすく、訂正が容易な方法はありますが、その方法がやりやすいと理解してる人でないと、かえってやりにくいだけですから。
逆に論理的に非合理な方法論でも、それがやりやすいと考えてる人にとってはやりやすい方法なわけです。

最初から完璧なプロットを作れる人は稀でしょうから、おそらく多くの人は、最初の頃はメモに取らず全て脳内である程度の構成をしています。
プロ作家もプロットを作らないって人がけっこういるしね。と言い訳しながら頑なにプロットを作らなかった頃は私にもあります。
少し前のスレッドでもプロットの話題がありましたが、おそらく「プロットは設計図」と考えてるから出来ないんじゃないかなと思います。
プロットに書いてある事をそのまま膨らませれば完成した小説になるので、逆を言うと小説を要約したものがプロットなわけです。
そのプロットを書き起こすことが出来ないで、どうして本編が書けるの？　という話。
料理を作ることはできるけど、そのレシピを書くことが出来ないって変でしょ？
つまり、「設計図」という何か特別なものを作ろうとしてるんじゃないのかな？　という感じ。

プロットは単なる下書きなので、始めから終わりまでの概要をサッと書けばいいだけです。
このあたりは人それぞれだから、どこまでプロットを書くか、どこまで材料を揃えてプロットと言うかは手探りで見つけるしかない。
私の言うプロットは、人によっては「そりゃ粗筋だろ」と言うでしょうし、まあ自分の中では明確に区別してるんですが、ともかく人それぞれです。

で、その構成の仕方ですが、と言っても「私の方法は」と念を押しますが、
まずは物語の内容をギュッと凝縮した一行の文を考えます。
例えば「勇者が魔王を倒す話」とかそんな感じのを。
そしたらコレを６行に分けて考えます。
６行なのは３幕構成をベースに自分でやりやすいようしてるからで、起承転結を考えて４行でもなんでもいいです。
とにかく最初に考えた一文を噛み砕いていくことが大事。
例えば「故郷を追われ、勇者に憧れてる兄についていく主人公」という序盤の一行が思いついたら、これを更に数行に噛み砕いていく。
ここでは「故郷を追われ」「勇者に憧れてる兄」「それについていく主人公」という３つの要素があるので、最低でも３シーンは必要。
このシーンまで噛み砕いたら、執筆では「故郷を追われてるシーン」を書けばいいだけなので、ここまで噛み砕けたら一応は問題ない。
でも例えば「勇者に憧れてる兄」は「どういう兄貴か？」というのを書きたいしキャラを描写したいので、そういう理由がある場合は更に噛み砕いていく。
最初に考えた６行のうちの一行でこれだけ噛み砕いて、残り５行も同じように噛み砕いていく。
そしたら、物語の初めから終わりまでのストーリーがシーン単位で作れたって事になるでしょ。

この作業を終えたあとに全体を見て、例えば「勇者に憧れる兄」と序盤にあるけど、この兄貴は序盤で死んでしまうから後半でも何か書けるエピソードが欲しいし、「どういう兄貴か？」で考えた一部は序盤から消して、中盤か終盤に回想かなんかで出すことにしよう。と、構成をいじったりします。
設定やらはまるで考えていないので、構成をいじるのは箇条書きにした一行をコピペするだけで済みます。
変更も追加も一行だけ。
全体も原稿用紙２枚くらいの文章量で超手軽。
設定云々は、こうした物語が出来た後で、この物語を成立させるために考えます。
人によるから批難するわけじゃないんだけど、設定から考えるとイメージだけはあるけど形にできないって事が多いと思う。
設定があるために物語をいじらなきゃいけない事があるし、設定を変更すると連鎖的に複数のシーンも修正しなきゃならなくなって、設定に物語が振り回されるので、プロットが作りにくいんですよね。