自分が書いてるもののジャンルがわからないという場合は、物語をシンプルに考えてみると良いです。
例えば「ループから抜け出す話」つまり、恋愛感情がどう決着ついてもSF要素の問題解決があれば物語は終了すると考えられるのなら、それは「SF」というジャンル。
例えば「恋愛ないし恋をする話」であるなら、SF要素がどう決着しても話は恋愛に終始するため、ジャンルは「恋愛・ラブコメ」となります。
例に挙げられている「涼宮ハルヒの憂鬱」は、恋愛ないしラブコメの要素はあるけど少なくとも一巻の中で決着はついておらず、物語は「超常的な能力を持つヒロインのご機嫌をうかがう話」で、これが解決することで話は終わる。
コレがSFか？　と考えると頭をひねる人もいると思うけど、少なくとも「恋愛・ラブコメ」は解決していないので、解決し終了条件となってるSF要素を持つ方がジャンルとして候補に上がっている。

でも、物語を上手く作ろうとするほど、物語の中で扱う要素は終盤にすべて回収・解決しようとするものです。
例えば「主人公とヒロインの恋愛が世界滅亡の未来を左右する」なんて場合、「恋愛」も「滅亡回避」も物語の終了条件になっているので、何気にジャンルに悩む。
こういう場合は「SFラブコメ」とでも開き直るしかないと思うけど、どっちかって言うと「世界滅亡を回避するための手段として恋愛がある」ので最終的な目標は「世界滅亡回避」ということになり、「SF」のほうが要素として強い。
逆に、「主人公とヒロインが恋愛する過程で世界滅亡の危機を回避する」なんて場合は当然のこと「ラブコメ」のほうが強いですね。

「要素の割合」で考えるのではなく強弱で考えると、「最終的な終了条件になっている方」のが圧倒的に強くなります。
これについても少し書いておくと、
文章にしろ会話にしろ、普通、「結論」って最後に来るものなんですよ。
だからラストが曖昧だと「コイツなんの話をしたかったんだ？」ってことになる。
逆にラストで「こうだ！」と明言すると、「なんか道中あやふやだったけど、彼の言いたいことはソレなんだな」と理解できる。
ここで、「彼は何について話をしていましたか？」と問うた場合、普通に考えれば「「結論」について話をしていた」という答えになりますよね。
つまり、「ラブコメ」と「SF」の要素を半々で語っていても、ラストで「恋愛が終了条件」となると、これは印象としては「恋愛・ラブコメ」になります。

物語をシンプルに一行で表現してみると物語の本筋のみを出力できるので、「主人公がループから脱出する話」なら、「ループから脱出する」ということが主目的なので、それが「何の要素か？」と考えれば「SF」なり「魔法・神秘＝ファンタジー」なり、答えが出しやすいと思います。
もちろん、それが「主人公とヒロインが恋する話」といった感じであるなら、「恋愛・ラブコメ」になるでしょう。

で。
そういう面倒な事を考えないでフィーリングで決める場合。
ぶっちゃけ、読者がつかないことにはどーにもならないので、単純に人気がある・観覧されやすいジャンルを選んじゃえば良いかと思う。
複数選択できるなら両方選択すればいいし、一つしか選択できないのなら、まあ、SFよりラブコメを選んだほうが読者の分母は増えそうです。