再訪、再々訪、再々再訪ばかりですみません。レスはお気遣いなく。

＞「読者が読み取った情報の整理」を行う場面が必要だったと考えています。

そうですね。それが一番手堅い方法だと思います。
井上ひさしさんのその作品を読んでいないので分かりませんが、ミステリの場合は解決編の前に探偵役が情報整理してくれるのはお約束。普通の小説では不自然になる場合もあるかもしれません。なので、要所要所の会話や、地の文に入れる主人公の思考などで段階的に理解させるのも良いかもしれませんね。
あと、先に書いたようにキュゥべえのようなキャラ（説明することが不自然ではない立ち位置のキャラ）を作る手もあります。

ただ、そういうことを施しても、少し問題は残るかもしれません。
これも繰り返しになりますが、小説の「分かりにくい要素」は、分かりにくいことだけが問題なのではなく、「分かりにくい！　先を読むのがめんどくさい！　もう読むのをやめよう！」と読者に思われてしまうのがまずいのです。

このデメリットについては、後から情報を整理しても手遅れです。

御作の場合。
向こうの感想でも指摘されていましたが、死神の設定がやや複雑すぎるんです。元ネタである落語・死神の設定に確かに似ていますが、落語の方は一つも分かりにくくないですよね？
御作では、ストーリーの都合で死神の能力に一捻りも二捻りも加えています。そういう微妙なところまで展開だけで表現しようとしていて、明らかに説明不足でした。

解決策としては。

まずは向こうでも提案されていたように、死神の設定そのものをもっとシンプルにできないか考えてみること。それでもストーリーは成立する可能性を私も感じました。

いえ、やりたかったことは分かるのです。どんでん返しですよね？

終盤の意外な展開を演出するために、設定に捻りをくわえる必要が生じたのだと思います。しかし、そういうことは一度話を複雑にしてしまうと作者の思考がそれにとらわれてしまって、よく考えたらもっと単純にできることに気が付かないというのは、よくあることです。
なのでダメ元で、まずは設定そのものをもっとスッキリできないか一旦は検討してみるとよいと思います。

つぎに。

捻りを加えた設定のままでいきたいなら、やはりストーリーを通して段階的に理解させていくのがよいかなと。
また繰り返しになりますが『まどマギ』は好例だと思います。
『まどマギ』は主人公たちが全編を通して徐々に真相に近づいていく構成になっていましたが、途中の理解は方向が間違っていたんですね。しかし間違ってはいても、それぞれの段階の理解そのものは明快で分かりやすくなっていました。
そのようにして、一つ一つ視聴者にしっかりと理解させながら、フェイクの理解を次の段階で修正していく。そんな流れが作られていて見事でした。

パーツは分かりやすく。しかし、パーツの組み合わせにトリックがあったということです。

他に、魔女の斬新なヴィジュアルや、「マミる」という言葉を生んだ有名な第３話の衝撃など、視聴者をつかんで離さない工夫もふんだんに盛り込まれていました。
加えて真相がなかなか分からないじれったさも、逆手に取れば「真相を知りたい」という視聴者（読者）の欲求につなげることもできます。
そういうところも『まどマギ』はとてもよいお手本かと。「もやっとする分かりにくさと」と「興味を引き出す分かりにくさ」の違いを読み取ってください。