一つ書き落としたので、追記します。レスは不要です。

＞相反する考えを持つ二人は不仲でも嫌いあってもいませんが、完全に思想は統一されていない、

とのことですが、

＞共にいる事で、少しずつ主人公に惹かれていくヒロインだが、心のどこかで主人公に虚無と戦って欲しくない、死んで欲しくない、という思いから、主人公に協力しきれない時が多々生まれ始める。

要するに主人公を大切に思うゆえの不一致ということなので、これは実はベタ惚れの状態ですよ。どこか作者の願望が入ってしまっていて、主人公とヒロインの関係性を突き放しきれていないように見えます。そこにお気づきかどうか、やや気になります。