その物語を一行の文章にしてみて下さい。
「主人公が学園でトラブルを解決する話」なら、「トラブルを解決」したら完結です。
これを
＞例えば、学園もので主人公が高校生1年生で
こちらの例に当てはめると、基本的に3年間というスパンで考えているので、3年間を書かなきゃ完結とは言えません。
なので新人賞の枠内に収めるよう工夫するか、そもそも「三年間」という前提を変更するか、という選択が求められます。

まず、「三年を新人賞に収めるのは厳しい」とされていますが、そんなことはないです。
それは、三年間の物語と時間で考えているので風呂敷を広げすぎてるだけです。
場合によって可能と補足されていますが、私の考えでは逆に場合によって不可能だけど、基本的には可能、と思います。
最初に「物語を一行の文章にしてみて下さい」と書きましたが、これは出来そうでしょうか。
だいたいどんな物語も簡潔に一行で表現できるものですが、これは極論だけど、新人賞どころかたった一行でも収めることが出来たってことでしょ。
じゃあ、その一行を噛み砕いて起承転結の４行にしてみたら？　４行に収まったって事。
それを広げて、新人賞の枠内で止めりゃ、新人賞の１２万字前後で収まるでしょ？
まあ、これは机上の空論でしかないですが、考え方としては、別に厳しいことなんて無いです。
単に風呂敷を広げすぎてるから枠に収まらないだけ。
スレイヤーズなんて新人賞の１巻で出会いと冒険を経て魔王を倒しちゃってるよ。

また、前提を変更して「一年生の主人公が問題を解決する話」とすりゃ、一年間のストーリーで完結していると言えます。
この場合三年間という前提を極力無くす変更が物語に求められるでしょう。
この例だとわかりにくいけど、
例えば魔王を倒すことが目的で、でも書ききれないから幹部を倒して終わりにしたい場合。
そのままやったら「魔王を倒すことが主旨なのにそれを達成してない」ため、いくら綺麗に終わらせても一段落感しかなく、完結したとは言い難いです。
このため、最初から「幹部を倒す話」としてまとめなきゃいけない、って事です。
「魔王を倒す話」ではなく「幹部を倒す話」を書かなきゃいけないってこと。
この変更後の話において「魔王」の存在はたいして重要じゃないし、「幹部を倒す」って事が話の全てになる。

なので、これから書く物語を一行にしてみて下さい。
主語と述語だけの単文で。
そして物語がこの一文を回収できてりゃ、それは完結した作品だと言えます。
魔王を倒す話なのに魔王を倒してない、三年間の話なのに一年しか語ってない、こういう場合は綺麗にまとまってても完結とは言い難いと思います。