おはようございます。

メアリ・スーという言葉は一人歩きしすぎていて、意味がよくわからなくなっているキライがあるかもしれません。
いえ、もちろん強すぎるキャラ、都合のいい補正のかかりすぎているキャラという意味なのははっきりしていますが。出発点が（二次・一次という問題はおくとして）そういうキャラを揶揄する発想からきているので、アンチな意味合いがどうしてもつきまといます。しかし、エンタメはキャラに多少の補正をかけてユーザーに爽快感を与えることも必要ですから、そういうキャラが一概にダメとも言えないでしょう。

ただ。

作者が自身の作中キャラに対して思い入れが強すぎるのは、やや問題があるのかなと。ユーザーのニーズを考慮するという冷静な配慮から離れ、自身の作ったキャラを客観視できなくなってしまいかねませんからね。
一次におけるメアリ・スーの問題点はそこなんじゃないかと思います。たぶんキャラが強すぎること自体は、作品の仕様であって良いとか悪いとかいうことではありません。

強くて欠点の少ないキャラが好きなら、開き直って思い切り無双させてしまうのもいいんじゃないでしょうか？
その上で、ストーリーのバランスをはかることも、読者に受け入れられやすいように工夫を加えることも可能だと思いますよ。