回答ありがとうございます。
＞・単純に他のキャラクターと比較して圧倒的に強い。
これは単にそういう設定なだけなので、じゃあ、極論アンパンマンもメアリー的？って話になっちゃうと思うので、気にしないほうが良いと思います。
単に「そういうキャラクターが主役」というだけで、読者サイドから見ると「主人公っていつも特別な人間ばっかだよな」と、古典で言えば英雄の血筋とか前世がどうのとかってのがありますが、これは逆で、そんなら本当に平凡な男子高校生の日々なんてギャグ以外で楽しめるのかって事ですね。つーか本当に平凡だったらギャグにもならない。
ただ、後述しますが、スレ主さんの場合なんとなく懸念に思うところもあります。

＞・ギャグテイストでもないのに作者の自己投影が余りにも強すぎる。
あえて悪く言うと、作者の独りよがりが過ぎるということでしょうか。だとすれば問題だろうなと思います。
でもそれは、やはりキャラの問題ではないと思う。

＞・（サブキャラの場合）主要キャラの出番を奪いすぎている。
上の項と関連してる気がする。
作者が強キャラを好んでいるというのはおそらく真実好きなのでしょう。その活躍を書きたい。そのためには該当キャラが主人公でなくても書いてしまう。
つまり独りよがりに書いてしまってるってことで上と関連してるんじゃないかなと。
ドラゴンボールで言えば悟空よりもベジータのほうが活躍してしまう感じでしょうか。
これは、キャラクターには役割があるので、それを自覚されれば良いと思います。
ベジータは結局のところ「かませ」なので、「あんなに強いベジータが負けるような相手に悟空は勝てるのか」という展開にするわけですね。
だから、ここではベジータだけど、強キャラが何の達人だろうと関係ないんですよ。それはただの設定です。
どんなに強かろうが、この役を持つ強キャラは主人公より先に戦って、負けるんです。そういう役割なんです。活躍はしても華は主人公に残しておく役割です。

それで、懸念ですが、ご友人の言である
＞「お前はどんなキャラも○○の達人という設定にしてばかりだからバランスが崩れるんだよ」
この言葉をピックアップして書かれたってことは、多少なりにそういう自覚があって、それで強キャラばっかだメアリーかもと思いスレッドを立てたのだと思います。
でも、これは「ただの設定」だってことを再度伝えます。
別に武術の達人が喧嘩上等の不良に負けたっていいじゃない。でもスレ主さんのイメージでは、おそらくそれはまず無いのでは？
強キャラのワンマンチームが平均的実力の平凡チームに負けることはありえない？
「強キャラは独りよがりに行動してチームワークを無視した結果、相手チームの連携で罠にはまり、実力を発揮できないまま平凡チームに負けてしまった」
こういうのは例えば「チームワークの大切さを知る切っ掛け」なんかの描写でよく見られる展開ですよね。
設定的に「負けるはずがない」のに「実際は負けた」から、そこにドラマがあるわけです。
勝てる勝負に勝っただけでは面白くありません。

「○○の達人」という設定ばっか、なのは何も問題ないと思います。
ただ、スレ主さんはその設定に振り回されている、こだわりすぎている、というのが懸念です。
だから、そんな物語を読者視点で見れば「主人公の設定が毎回こればっか、これが原因じゃねえの」って思っちゃうのではないかと思います。
それはただの設定で、物語を縛るものではありません。
別に助言してくれた方に反目するわけではありませんが、キャラの個性は尖ってりゃいいってもんでもないけど特徴はわかりやすくしたほうが良いので極端に強調するのは悪いことではありません。
強キャラが好きならそれはスレ主さんの個性なので、正直なところ、丸くならないで欲しいです。
ただし、その設定に縛られて展開を書いているのではないかと感じます。もし心当たりがあるならそっちのほうが原因であると思います。