まず、自分は小説家ではありません。
そこまで活字中毒ってわけでもないですし、最近は文字を読むのもすっかり遅くなりました。
なので、以下の感想は、もしかしたら九十九零様の想定している読者層とは違っているかもしれません。
参考にならないかもしれませんが、「こういう考えの人もいるんだな」程度に聞き流してください。

まず、五年続けた。
これが純粋に、単純に素晴らしいと思います。
それだけの根気と情熱を持ち続けられた、夢を追えたというのは、間違いなく九十九零様の才能みたいなものだと思います。
自分含め、世間の人間はだいたい飽き性ですから、その点一歩リードしてらっしゃいます。胸をはってください。

それで、とりあえず読んでみました。
イントロダクションなる部分は読み飛ばしました。多分全部読み終えてから戻ってくると感慨深い類いのものだと経験則で感じたので、一周目で熟読する意味はないかな、という判断です。
この判断が、なろうやカクヨムの読者層の何割程度の読み方なのかはわかりません。少なくとも、自分はそういう読み方をする人間です。申し訳ありません。

第二話、プロローグ。
導入がふたつあるのって、なんだかむずむずしませんか？本筋はいつ始まるのかな、って感じに。
読み進めると、息を「呑む」が正しいのかな、とか、そんな日本語のニュアンスで微妙に集中が乱されたりしました。
それで、多分九十九零様には、「醜い形～近未来の機械」でどういった形のマシンが街並みを蹂躙しているのか、それこそ映画のワンシーンのような鮮明な映像が想像できていたのでしょう。ですが、自分は想像力が不足しているのか、ふわっと「街が襲われてるってシーンを書きたいのかな、いや前置きで学校って言ってたし学校かな」と雑に認識していました。
どうにももったいなかったです。近未来の機械という単語から受ける個人的なイメージは、真っ白いスマートなボディだとか、青やら緑やらの光の線だとか、スタイリッシュなものでした。そこに「醜い」が付与され、これは主人公の感情が憎悪のフィルターを通しているからそういう認識なのか？実際に歪な形なのか？と混乱してしまいました。機械って人間型？戦車型？四脚とかヘリコプターとかもあるよな……どれだろう？と、マシンの具体的な脅威の方向性すら見えてこなかった。結局はふんわりとした「つまり危ないって言いたいんだな」というのん気な認識に帰結しました。
で、魔法という単語が出てきて、さらに混乱しました。その時点で、前置きの「学校」という単語とかから、すっかり「屋上」は、貯水タンクとかおいてあったりするような、遠くにビルの看板とか見えたりするような、そういう現代的なもののイメージでした。そこに突然白刃と魔法が出てきたので、もう一度脳内を整理する必要が出てきました。
ここまでで、具体的な映像は、こちらにはひとつも浮かんできていませんでした。
もったいないというのは、描写を足すもう一押しが足りてないように感じた部分です。
マルチメディア展開とおっしゃるのであれば、小説には小説の強みと弱みがあります。１０００文字を費やしてもイラスト一枚に情報量で負けるとか、心情を描くのは強いとか、そういうものです。その辺の分析とか飲み込みが足りないように見られて、どうにも、広い展開の起点としては大雑把に感じてしまいました。
その後、キツネの子が出てきたあたりで「こいつどこに出現したの？」となって。
ごめんなさい、そこから先は諦めました。なので、自分はサタン様よりも根気がありません。本当にすみません。
一段落進むたびに、情報を整理するために前の行に戻る。その繰り返しみたいでした。

書きたいものは、とても壮大で派手なんだと思います。
実際、これを映画館とかで見れたら、結構楽しそうだとは思いました。自分は、こういうカオスな世界観は結構好きなんです。ハチャメチャやって最後は大団円、みたいなの、大好物なんですよね。
きっと最後まで読めれば、ブクマのひとつも押したくなったと思います。
でも、こういう言い方は傷つかれるかもしれませんが、「脳内で鮮やかに動くとびきりのアニメーションを、文章に調理せず生で出された」って感じでした。

あるいは、夢の追い方を変えてみるのもいいのではないでしょうか。
今しがた第三話を流し読みしてきました（じっくりは読めず、文体はやっぱり合わない感じです。すみません）。緑色の太陽とか、発想は好きでした。
つまり、少なくとも自分の心に引っ掛かる、気にかかる部分は作れていたわけです。アイデア力はあるんじゃあないでしょうか？　無責任なことはあんまり言えませんが、自分は好きでした。
アニメ脚本家とか、いかがでしょうか。どういった目指し方があるかは寡聞にして知りませんが、「声優さんを立てられる手段」としては、そちらのほうがダイレクトだと思います。
「それでも小説家からはじめたい」という場合は、サタン様のおっしゃる通り、コツコツと練習が必要だと感じました。自分も決して大きなことは言えないのですが…。
以上です。繰り返しますが、目標のサイズ感は好きです。五年追えたのも見習いたいし、憧れます。いつかTVで、九十九零様の作品が流れたらいいですね。