いや、どの場合もテーマから決めてます。
書きたいことがあって、その人物を起用するわけだから。私の場合は書きたいことが先にあります。
なので、人知を超えた神のような存在を書きたければ、その神で何を物語りたいのか、が最初にあります。
そういうの一切なくて、単に設定上「そういうキャラが必要」なだけだったなら、メインストーリーとは関係なく「そういうキャラで何を書けるか」を考えます。
考えたところで関係ないので本編に書きはしないけども。

まあ、ものすごい理想論なんだけども、そもそもキャラクターっていう装置は「一個の人間」なのか「キャラクターっていう道具」なのかって考えたことがあって、まあ青臭い答えなんだけど「キャラクターではなく人物、一個の人間だろう」と考えました。
すると、「キャラを作る」ってのは「彼の人生を考える」ってことだろうか。と思ったのだけど、そんなん無理だってすぐにわかるので、「彼の人生」を小説のスケールに落として考えた場合、この「人生」ってのは「物語」だよな、と思った。
なら、小説においてはキャラを作るには、簡易でもいいから「彼の物語」を作って、そのために生きている人物を作り上げたほうが良い、と結論づけました。
なので、テーマ、「彼はなぜ存在してるのか」を考える。そのために「彼の物語」を想定する。
人生って物語を持ってない人物はいないので、何にしてもまずは物語から考えてます。
まあ、それって言い換えると「キャラの目標」っていう設定一つで代役できる事なので、別に物語から作ることが正しいって主張ではないです。
私はこうしてますよって一例。
なので、せっかく返信したけども、まず「人知を超えた存在」ってのがどういうキャラを想定してるのかわからないと、その関係性を書く例も思いつかないかな。