別作品での、すでに世界観がある作品に流用する際のすり合わせで戸惑ってるってことか。
なら、「ベアトリクス（あるいは友人・有能な鍛冶師）が作ったオーダーメイドの専用武器」でいいんじゃないでしょうか。
オートマチックピストルではない例だけど、漫画『ヴィンランド・サガ』ではクロスボウを持つ女性狩人が出てきます。
クロスボウは利点もあるけど欠点として威力に比例して装填に時間がかかるもので、戦争での主力も弓。それが常識って時代。
でも、クロスボウを持つ女性は非常に頭が良くて、自分でボルトの装填機構を作ってしまった。女性の力でも容易に装填できて時間もかからない。
この装填機構を持つクロスボウは、まあ、少し大げさな言い方をすると結構なオーパーツって事になるんだけど（弓しかない時代にコンバットボウを出すようなもの）、別に特別な設定云々ってこともなく普通に受け入れられています。
ベアトリクスはお嬢様って設定なら、そのお嬢様が考えた突飛な武器を作ることが出来る鍛冶師がいても不思議じゃないし、それで済むんじゃないかな。

それと余談だけど。
＞犯罪都市などを舞台にしてもブラックラグーンと被るし、一応お嬢様な彼女のキャラ設定とかみ合わない。
ブラックラグーンだって犯罪都市に平凡なサラリーマンがいるって状況で、その絵は不釣り合いだし、噛み合ってないよ。
そういうのが「面白い」んだよ。
整合性はたしかに大事な要素だけど、犯罪都市に犯罪者がいたって、こりゃ当たり前のことで面白くないでしょ。
整合性が取れない不釣り合いな状況にあるから面白いことが起こるんだよ。
繰り返し、整合性は大事な要素だと思います。けれど、部分的に整合性を崩すことも、また大事なことです。
そしてまた繰り返しですが、完璧なものを作る必要はありません。柔軟にいきましょう。