まずはラブコメのラストで主人公とヒロインをくっつけるべきか、くっつけないべきか。
これは作者がどうしたいかの問題で、そこを知らないと第三者は何も意見できないと思う。
ただ、傾向としては、「ラブコメ」つまり「ラブストーリー」と「コメディ」の作品なので、「ラブストーリー」に重きを置いているのであればラストは幸せな二人を演出したいので「付き合う・結婚する・子供が出来る」といったラストが多いと思う。
一方で「コメディ」を主体としている場合は、「くっつくラストでも良い」という程度で、恋愛の成就はあまり重要でない事が多い。そのため、元の鞘に収まったり主人公とヒロインの立場が逆転していたり、物語の設定次第でいろいろオチは考えられる。

で、
＞くっ付けるならどのヒロインとくっ付けるべきか
これですが、申し訳ないけれど設定を聞いただけでは個々人の好みでしか回答できないと思うので、書かれてる作品に対する意見は出せないと思う。
その上で一つだけ意見を出すと、
＞ヒロイン達が一人前になることで一応の落ちがつくこと。
とあるので、各ヒロインにはそれぞれ一人前になるだろうエピソードがあるのだと思います。
因縁のある幼馴染も、おそらくは聖女として一人前になる話なのではないかなと。
すると、「主人公の話」が見当たらない。
主人公の目線で学生たちが一人前になる成長を書く、と、これで物語にはなってると思うけど、主人公自身について語る物語がなさそう。
なので、「主人公の話」を考え、その物語の中で「誰がくっつくヒロインに相応しいか」を考えていけば良いのではないでしょうか。

作者次第なので、あくまで自分ならどうするかって話をすると、個人的にはノータッチを選ぶかなと思う。
主人公の目的は「学生を守り鍛えるためであること」なので、そもそも恋愛の成就は主旨じゃない。
その主旨じゃない事をラストエピソードのテーマにするってのはどうかと思うため。
でも、くっつくとしたら候補に上がるのは因縁のある幼馴染じゃないかな。どういう因縁なのかにもよるけども。
「守り鍛える学生たち」の中にあって「恋愛に関する要素を内包するキャラクター」が幼馴染の因縁にありそうなので。幼馴染は学生じゃないかもしれんけど、同じヒロイン枠って括れるし。
例えば「昔から幼馴染に嫌われていた」「学生たちを鍛えることで知らず知らず自分も成長していたらしい」「幼馴染は主人公を嫌っていたわけではなかった、成長した主人公を見直して幼馴染は本心を伝える」みたいな、「鍛える」の枠内でスムーズに恋愛に移行出来て、「嫌い」から「好き」に変化する様子を簡単にまとめられそう。

迷いがあるわけじゃなく、正直誰でもいいんだよね、誰が主人公とくっついてもいいような書き方してきたし。という場合は人気が高いキャラを選べば良いと思う。
読者が見たいと思うキャラを出してやるのが一番喜ぶでしょうから、それも一つの手だろうと思う。
でも正直なところ、そういう選択を取ったラブコメは個人的にあんまり好きじゃない。
思想的な問題じゃなくて、単純に「メインヒロインとして書かれてないキャラが終盤に主人公の隣にいる」というのが物語として、なんか座りが悪い、と思ってしまうためです。
「この子とくっつくラストなら序盤のほうだいぶ無駄なことしてねえ？」って感じになっちゃう。
物語としてのカタチが美しくない、みたいに思っちゃうんですよね。
なので、単純にエンタメとして楽しんでる読者であれば私のような違和感はないんじゃないかとは思います。

あと、まあ、ノータッチに見せかけたハーレムENDって選択もあると思う。