質問は展開について。視点主が犯人だった展開と、その他、普通のミステリー的展開のどちらにするかで悩んでいる。でよろしいでしょうか？
恐縮ながら、私見を述べさせていただきます。
まず、視点主が犯人だった展開は、とても意外性に富んだものですが、その意外性は読者にとっては、いい裏切りか、はたまた、ただの裏切りになるかは分かりません。
と言うのも、いい裏切りになるかどうかは、伏線を張り巡らせたり、秘密（視点主が犯人だった）が明かされるまでの物語の没入感などが起因すると思われます。
故に、展開自体は問題ないと思いますが、その展開が読者にとって納得のいくいい裏切りになるかは、地の文やら構成やらで決まるので、この質問について絶対的な答えはありません。まぁ、前者の普通にミステリーする方が無難で良いかと私は思います。そちらの方が簡単ですし。
また、物語が長編なら前者、物語が短編か、掌握なら意外性の後者を取るべきだと私は思います。
おっしゃられたとおり、主人公だと思っていた人物は実は噛ませ役で、死亡するというのは、読者にとって離れてしまう要因の一つになり得るかもしれないので、もし、どうしても叙述トリック的、視点主犯人だった展開をしたいのなら、読者がスッキリするよう、相当な手腕が必要とされます。
また、ラノベの観点から見ても、主人公はただの一般人だと信じていたピュアな読者が悪い意味で裏切られたと感じ取り、憤って読むのをやめてしまう、なんて可能性もなきにしもあらずであるかもなので、まぁ、冒険はせずに定石通りやるべきだと私は思いました。
それと、どうでもいい話の件なのですが、正直意味が分かりません、スパイダーマン的なヒーローと思わせておいて、実は悪の怪人だったと言うことでしょうか？でも、どっちにしろ人殺しなんですから、そこで印象操作しても、無意味だと思います。
　こういうことでしょうか？視点主は連続殺人犯であり、なおかつ、自分のことをアメコミヒーローだと思っている精神異常者だと言うことの暗喩。
というか、犯人である視点主はどうやって、己を俯瞰したのでしょうか？鏡に写ったのでしょうか？
話が大いにズレましたが、まとめますと、自分の力量に自信があるなら、視点主が犯人だった展開でもいいかと思いますが、私的には普通に書いた方が簡単で面白いと思います。
深夜テンションで失礼しました。