ご相談の文面を拝見すると、スレ主様ご自身がかなり問題点を把握されているように見えます。なので、懸念されれているいくつかの点についてコメントするだけに止めようと思います。

＞近々アニメ化される某漫画作品で見た手法を拙作にも取り入れてみたいという考えから採用した一方、一度読者に自分と同一視してもらった主役を突然突き放して退場させる事は、漫画でするのとは訳が違うのではないかと思った所です。
＞読者が離れてしまわないか心配です。

これは論点が３つ含まれているように思いました。

１）「某漫画作品で見た手法を拙作にも取り入れてみたいという考えから採用」

２）「一度読者に自分と同一視してもらった主役を突然突き放して退場させる事は、」（中略）「読者が離れてしまわないか心配です。」

３）「漫画でするのとは訳が違うのではないかと思った所です。」

２の懸念はあると思います。これについては問題点を把握されているようなので、私から補足するところはありません。

ご相談を拝見して興味深く感じたのは、３です。
よろしければ、漫画とは訳が違うと考えられた理由をお聞きしたいです。

私の考えを先に述べておきますと、「なるほど、漫画とは少し訳が違うのかもしれないな」と思いました。
小説、特に一人称の場合、読者は語り手の内心の声（普通は本心）に直接触れます。そのため、

Ａ）小説では主人公（語り手）への感情移入の重要度が高く、そこを裏切ってしまうデメリットはバカにならない。

Ｂ）語り手の内心（普通は本心）として先に書いたことを覆すことになるので、違和感なく文章化するのが難しい。

これらの難点は、漫画ならキャラを外面描写するため緩和されそうです。また、キャラの容姿の描写やアクションの魅力で読者を楽しませることもできるので、デメリットをカバーしやすいかもしれません。

最後に１について。
構想されている手法にデメリットがあるとしても、スレ主様ご自身が某漫画作品で魅力や面白さを感じたということは見逃せません。うまく使えば効果的ということですから、挑戦してみる価値はあると思います。
ただ、３のように漫画と小説では勝手が違うという可能性もあるので、そこをよく考えて判断されるとよいかと思います。