文章ソフトのレイアウト調整が原因ではないでしょうか？　ソフトは何を使われていますか？

日本語には「禁則」というのがあります。行の頭に句読点（。、）や括弧閉じ（」）を置かない、などです。そのために書籍などでは文字間隔を調整しています。書籍の行を見てもらうと、原稿用紙のように縦横に文字がそろっていないことが分かると思います。
で、Wordのような高機能ワープロソフトには独自のレイアウト機能があって似たような調整を自動でやっているんですね。しかし、書籍とは調整方法が微妙に異なるので、まったく同じ文章でも文字がずれてくるということが起こります。

で、そういうことが気になるなら、エディタというタイプのソフトが色々あります。これはWordのように余計なレイアウトを勝手にやったりせず、シンプルなテキスト打ちに特化したソフトです。Windowsに標準でついてくるメモ帳というのもエディタの一種。また優秀なフリーソフトがたくさんあって、エディタとググれば見つかるはずです。参考までに私はTeraPad(テラパッド)というのを愛用しています。